Peamine erinevus embrüonaalsete ja somaatiliste tüvirakkude vahel on see, et embrüonaalsed tüvirakud on pluripotentsed diferentseerumata rakud, millel on embrüonaalne päritolu, samas kui somaatilised tüvirakud on multipotentsed diferentseerumata rakud, mis on pärit kudedest ja elunditest.
Tüvirakud on diferentseerumata rakud, mis on võimelised kasvama tõelisteks kudedeks või elunditeks. Üldiselt on olemas kaks peamist tüvirakkude tüüpi nagu embrüonaalsed ja täiskasvanud tüvirakud (somaatilised tüvirakud). Diferentseerumise korral võivad embrüonaalsed tüvirakud diferentseeruda mis tahes tüüpi rakkudeks. Seevastu somaatilised tüvirakud saavad diferentseeruda ainult mitmeks koespetsiifiliseks rakuks. Seetõttu on embrüonaalsed tüvirakud pluripotentsed, somaatilised tüvirakud aga multipotentsed. Lihtsamalt öeldes on embrüonaalsetes tüvirakkudes diferentseerumisvõime kõrge võrreldes somaatiliste tüvirakkudega.
