Peamine erinevus transformatsiooni ja transduktsiooni vahel seisneb selles, et transformatsioon on mehhanism, mis muudab bakterite geneetilist materjali, eksogeense geneetilise materjali otsese omastamise kaudu ümbrusest rakumembraani kaudu ja inkorporeerimise teel genoomi, samal ajal kui transduktsioon on võõra DNA süstimine bakteriofaagiviirus peremeesbakterisse.
Konjugatsioon on tuntud DNA rekombinatsioonimeetod, mida võib leida nii eukarüootidest kui ka prokarüootidest. Teadlased on avastanud, et DNA on võimalik ühest bakterirakust teise viia kahe teise mehhanismi abil: transformatsioon ja transduktsioon. Sarnaselt konjugatsiooniga kannavad need kaks mehhanismi DNA ühes suunas edasi ja rekombinatsioon toimub alleelide vahel homoloogsetes DNA piirkondades. Mõlemad mehhanismid kannavad väga vähe DNA koguseid ja kogu rakukromosoomi.
