Peamine erinevus ees- ja tagaaju vahel seisneb nende spetsiifilistes funktsioonides. Eesaju vastutab intelligentsuse, mälu, kehatemperatuuri, nälja- ja janusignaalide eest, keskaju aga kuulmis- ja visuaalsete reaktsioonide ning tagumine aju siseorganite funktsioonide reguleerimise eest.
Aju on keeruline organ. See on kesknärvisüsteemi peamine juhtimiskeskus. See võtab vastu, töötleb, saadab ja suunab meelelist teavet. Veelgi enam, kollakeha jagab aju vasakuks ja paremaks poolkeraks. Ajus on kolm peamist jaotust, sõltuvalt nende konkreetsest funktsioonist. Need on ees-, kesk- ja tagaaju.