Peamine erinevus vere-aju barjääri ja vere CSF-barjääri vahel on see, et vere-aju barjäär on barjäär, mis eraldab verekudet ja ajukudet, samas kui vere CSF-barjäär on funktsionaalne barjäär, mis eraldab verekudet ja tserebrospinaalvedelikku.
Vere-aju barjäär ja vere CSF-barjäär on ajus kaks kaitsvat barjääri. Samuti on need olulised molekulide transportimisel üle aju ja perifeersete verekudede. Pealegi on mõlemal tõkkepuudel tihedad ristmikud, mis hõlbustavad mittetoksiliste ühendite ülekandumist ajju.