Peamine erinevus raku vahendatud ja antikeha vahendatud immuunsuse vahel on see, et raku vahendatud immuunsus hävitab nakkusosakesed rakkude lüüsi kaudu tsütokiinide toimel, ilma antikehade tootmiseta, samas kui antikehade vahendatud immuunsus hävitab patogeene, tekitades antigeenide vastu spetsiifilisi antikehi.
Rakkude vahendatud immuunsus ja antikehade vahendatud immuunsus on meie kehas kahte tüüpi esmaseid kaitsemehhanisme. Rakkude vahendatud immuunsus toimib rakusiseste patogeenide vastu. Seega toimib see nakatunud rakkude sees ja hävitab patogeene, vabastades tsütokiinid. Seevastu antikehade vahendatud immuunsus toimib rakuväliste patogeenide vastu, tekitades antikehi antigeenide vastu, mis asuvad väljaspool nakatunud rakke või vabalt ringlevad veres. Pealegi teostavad B-lümfotsüüdid peamiselt antikehade vahendatud immuunsust, samas kui T-lümfotsüüdid rakkude vahendatud immuunsust.
