Aksotroofide ja prototroofide peamine erinevus seisneb selles, et auksotroofid on mutantsed mikroorganismid, mis on kaotanud võime toota oma kasvuks vajalikku kindlat orgaanilist ühendit, samas kui prototroofid on metsiktüüpi mikroorganismid, mis on võimelised tootma kõiki vajalikke orgaanilisi ühendeid.
Mikroorganismidel on erinevad toitumisviisid. Eriti on bakteritel erinevad võimed. Mõned bakterid on võimelised fotosünteesima ja ise toitu tootma, samal ajal kui mõned bakterid elavad peremeesorganismiga sümbiootilistes suhetes ja saavad toitaineid. Lisaks lagundavad mõned bakterid orgaanilisi aineid ja omandavad toitaineid. Auksotroofid ja prototroofid on kaks mikroorganismide rühma, mis erinevad nende võime järgi toota orgaanilisi ühendeid. Prototroofid suudavad sünteesida kõiki nende kasvu jaoks vajalikke orgaanilisi ühendeid, samas kui autotroofid ei suuda mutatsiooni tõttu toota konkreetset orgaanilist ühendit, mis on selle kasvuks hädavajalik.
