Peamine erinevus sekundaarsete metaboliitide vahel on see, et primaarsed metaboliidid on ainevahetuse lõppproduktid, mis osalevad otseselt organismi normaalses kasvus, arengus ja paljunemises, sekundaarsed metaboliidid aga metaboliidid, mis ei osale otseselt organism.
Metaboliidid osalevad ainevahetuse käigus organismide kasvus. Ainevahetus on kõigi organismis esinevate biokeemiliste reaktsioonide summa. Metaboliitidel on kaks peamist kategooriat, sõltuvalt päritolust ja funktsioonist. Need on peamised metaboliidid ja sekundaarsed metaboliidid.
