Peamine erinevus diferentseerumise ja morfogeneesi vahel on see, et diferentseerimine kirjeldab seda, kuidas rakud muutuvad unikaalsete funktsioonide täitmiseks spetsialiseerunuks, samas kui morfogenees kirjeldab elusorganismide vormide arengut.
Mitmerakulised organismid alustavad oma elu ühest rakust, moodustades kas eose või sügoot. Seetõttu on rakkude diferentseerumine ja morfogenees kaks erinevat ja peamist protsessi, mis tekivad paljurakulise organismi arengus. Diferentseerimine on erinevate spetsialiseeritud rakutüüpide moodustamise protsess. See viib rakkude ja kudede küpsemiseni, mis täidavad organismi jaoks konkreetseid funktsioone. Teisalt on morfogenees elusorganismide erinevate vormide väljatöötamise protsess. See määrab rakkude, kudede, elundite või organismide kuju.
