Peamine erinevus püridiini ja pürimidiini vahel on see, et püridiini struktuur sarnaneb benseeni struktuuriga ühe metüülrühmaga, mis on asendatud lämmastikuaatomiga, samas kui pürimidiini struktuur sarnaneb ka benseeni struktuuriga, on kaks metüülrühma asendatud lämmastiku aatomitega.
Püridiin ja pürimidiin on orgaanilised ühendid. Neid nimetatakse heterotsüklilisteks orgaanilisteks ühenditeks, kuna need on tsüklilised struktuurid, millel on tsükli moodustamiseks kaks erinevat tüüpi aatomit. Need ringstruktuurid sisaldavad süsiniku ja lämmastiku aatomeid.
