Peamine erinevus hemotsüaniini ja hemoglobiini vahel seisneb selles, et hemotsüaniin on vaske sisaldav rakuväline hingamispigment, mis esineb mõnes selgrootuses veres, samas kui hemoglobiin on rauda sisaldav rakusisene hingamisteede pigment, mis esineb selgroogsete verest.
Aeroobsetes organismides toimub gaasivahetus veres sisalduvate metalloproteiinide kaudu. Seetõttu on hemotsüaniin ja hemoglobiin kaks metalloproteiini, mis hõlbustavad vastavalt selgrootute ja selgroogsete loomade gaasivahetust. Hemotsüaniin on vaske sisaldav hingamisteede pigment, mis on hõljunud selgrootute hemolümfis. Seevastu hemoglobiin on rauda sisaldav hingamisteede pigment, mis on seotud selgroogsete punaste verelibledega. Hemotsüaniini hapnikuga vorm on sinist värvi. Hemoglobiini hapnikuga vorm on erepunast värvi.
