Peamine erinevus prototropia ja tautomerismi vahel on see, et prototroopia käsitleb molekuli kahte vormi, mis erinevad üksteisest ainult konkreetse prootoni asendi poolest, samas kui tautomerism käsitleb kahe struktuurse isomeeri vastastikust teisendamist aatomite või sidemete ümberpaigutamise kaudu.
Prototroopia on tautomeeria vorm; see on tautomeeria kõige levinum vorm. Tautomerism on orgaanilise keemia mõiste, mis kirjeldab ühe struktuurse isomeeri muundumist teiseks isomeeriks aatomite või sidemete ümberpaigutamise kaudu. Kui ümberpaigutamine toimub molekuli prootonis, siis nimetame seda prototroopiaks. Seetõttu on seda tüüpi tautomerism tuntud kui prototroopne-tautomerism.
