Peamine erinevus failisüsteemi ja andmebaasi vahel on see, et failisüsteem haldab ainult füüsilist juurdepääsu, andmebaas aga nii füüsilist kui ka loogilist juurdepääsu andmetele.
Andmebaas ja failisüsteem on kaks meetodit, mis aitavad andmeid salvestada, hankida, hallata ja manipuleerida. Mõlemad süsteemid võimaldavad kasutajal andmetega sarnaselt töötada. Failisüsteem on kõvakettale salvestatud toorandmefailide kogu, andmebaas aga suurte andmemahtude hõlpsaks korraldamiseks, salvestamiseks ja hankimiseks. Teisisõnu, andmebaasis on organiseeritud andmete kogum, tavaliselt digitaalsel kujul, ühe või mitme kasutaja jaoks. Lühend andmebaasist on DB. DB on võimalik liigitada vastavalt nende sisule, näiteks dokumendi tekst, bibliograafiline ja statistiline. Oluline on märkida, et isegi andmebaasis salvestatakse andmed mõnes failis lõpuks või füüsiliselt.
