Peamine erinevus allogeense ja autoloogse siirdamise vahel sõltub siirdamiseks vajalike tüvirakkude allikast. Allogeensel siirdamisel kasutatakse uue doonori uusi tüvirakke, samas kui autoloogse siirdamise korral kasutatakse patsiendi enda tüvirakke.
Tüvirakud on diferentseerumata rakud, mis võivad jagada ja diferentseeruda erinevateks muud tüüpi rakkudeks. Järelikult on neil rakkudel võime ennast uuendada. Seetõttu on need meie elundite ja kudede aluseks. Lisaks toimivad need meie keha remondisüsteemina. Kuna tüvirakud on võimelised tootma rohkem sama tüüpi tütrerakke või diferentseeruma spetsiifilisteks rakutüüpideks, kasutatakse neid tüvirakkude ravis, et asendada valesti funktsioneerivad või haiged koed tervete kudedega. Tüvirakkude ravi võib olla kas allogeenne või autoloogne. See sõltub uutest tüvirakkudest, mida kasutatakse siirdamisel koe asendamiseks. Kui tüvirakkude ravis on patsiendi enda tüvirakud, on see tuntud kui autoloogne siirdamine. Kuid kui see on pärit teiselt doonorilt, siis nimetatakse seda allogeenseks siirdamiseks.
