Ema ja isa DNA testimise peamine erinevus sõltub testimisprotseduuris kasutatud DNA allika tüübist. Ema DNA testimisel kasutatakse ema esivanemate saamiseks mitokondriaalset DNA-d, samas kui isade DNA testimisel kasutatakse isade esivanemate saamiseks Y-DNA-d.
Perekondlike suhete kindlakstegemiseks on oluline nii isaste kui ka emaste päritolu määramine. Pealegi määravad ema ja isa DNA-testid ka isikute identiteedi. Mõned selles analüüsis kasutatud molekulaarsed tehnikad on DNA sõrmejälgede võtmine, lühikese tandemkorduse analüüs ja piiramise fragmendi pikkuse polümorfism (RFLP).
