QTL-i ja GWAS-i peamine erinevus sõltub analüüsis kasutatud järjestuste tüübist. QTL kasutab polügeense pärilikkusega seotud fenotüüpsete omaduste analüüsimiseks sidumisgeenilokke, samas kui GWAS kasutab terve seisundi üksikute nukleotiidide polümorfismide analüüsimiseks terveid genoomijärjestusi.
QTL-kaartidel ja GWAS-il on oluline roll erinevate tunnuste geneetilises analüüsis. Lisaks on need olulised mitmesuguste teadmata etioloogiaga haigusseisundite analüüsimisel. Lisaks mängib järjestamine mõlemas tehnikas võtmerolli. Suurema täpsuse ja täpsuse tagamiseks saab neid tehnikaid veelgi kombineerida teiste suure läbilaskevõimega tehnikatega.