Peamine erinevus aldehüüdi ja ketooni vahel seisneb selles, et aldehüüdi funktsionaalne rühm esineb alati otsas, samas kui ketooni funktsionaalne rühm esineb alati molekuli keskel.
Aldehüüdid ja ketoonid on karbonüülrühmaga orgaanilised molekulid. Karbonüülrühmas on süsinikuaatomil kaksikside hapnikuga. Karbonüülrühma süsiniku aatom on sp 2 hübridiseerunud. Niisiis, aldehüüdidel ja ketoonidel on trigonaalne tasapinnaline paigutus karbonüülsüsiniku aatomi ümber. Karbonüülrühm on polaarrühm; seega on aldehüüdidel ja ketoonidel kõrgem keemistemperatuur kui sama kaaluga süsivesinikel. Kuid need ei suuda luua tugevamaid vesiniksidemeid nagu alkoholid; seetõttu on nende keemistemperatuurid madalamad kui vastavatel alkoholidel. Vesiniksideme moodustumise võime tõttu lahustuvad madala molekulmassiga aldehüüdid ja ketoonid vees. Kuid kui molekulmass suureneb, muutuvad nad hüdrofoobseks.
