Peamine erinevus mitokondrite ja kinetoplasti vahel on see, et mitokondrid on eukarüootsed raku organellid, mis toodavad energiat (ATP). Vahepeal on kinetoplast ringikujulise DNA võrk, mis asub suure mitokondrioni sees, täpsemalt Kinetoplastea klassi algloomades.
Eukarüootsetes rakkudes on erinevat tüüpi raku organellid. Need erinevad organellid täidavad elusrakus erinevaid funktsioone. Neist mitokondrid on üks membraaniga seotud organellidest, mida on näha eukarüootsetes rakkudes. Nad on organellid, kes vastutavad energia tootmise eest (ATP kujul) rakkudes. Seega peetakse neid raku jõujaamadeks. Mitokondritel on oma genoom, see on ümmargune DNA, mis on päritud emalt. Kinetoplast on ringikujuline DNA võrk, mida nähakse Kinetoplastida klassi kuuluvate organismide suures mitokondrionis. Seetõttu on kinetoplastid näha ainult selles eukarüootses alamdomeenis.
