Peamine erinevus lineaarsete ja pöördmolekulaarsete mootorite vahel põhineb peamiselt mootorvalgu moodustavate komplekside liikumisel. Kui lineaarsed molekulmootorid näitavad komplekside vahel ühesuunalist lineaarset liikumist, siis pöörlevad molekulmootorid pöörlevad liikumised molekulaarse mootori moodustavate erinevate komplekside ümber.
Molekulaarsed mootorid on olulised biomolekulid, mis osalevad paljudes reaktsioonides, eriti seoses adenosiintrifosfaadi (ATP) energia tootmisega. Neil on liikumises või mehaanilises töös keskne roll. Mootorvalgud kasutavad mehaanilise jõu tekitamiseks ATP-st või nukleotiidtrifosfaadi hüdrolüüsist saadud vaba energiat. On kahte tüüpi molekulaarseid mootoreid: lineaarseid molekulmootoreid ja pöörlevaid molekulmootoreid. Need esindavad kahte mootori töörežiimi.
