Peamine erinevus praimeri ja promootori vahel on see, et praimer on kaubanduslikult sünteesitud lühike DNA järjestus, mida kasutatakse PCR-is sihtmärk-DNA järjestuse amplifitseerimiseks, samas kui promootor on spetsiifiline DNA järjestus, mis tagab RNA polümeraasi ja transkriptsioonifaktorite jaoks kindla algse seondumiskoha. transkriptsiooni algatamiseks.
Praimer ja promootor on kahte tüüpi DNA järjestused. Praimer on väike DNA fragment, mida on vaja polümeraasi ahelreaktsiooniks (PCR). Sellel on lühikesed nukleotiidjärjestused, mis on komplementaarsed DNA ahela külgneva otsaga. Praimereid on kahte tüüpi ja need toimivad uute DNA-ahelate sünteesi lähtepunktidena. Seevastu promootor on spetsiifiline DNA järjestus, mis asub geeni transkriptsiooni initsiatsioonikohast ülesvoolu. See interakteerub otseselt transkriptsioonimehhanismi komponentidega nagu RNA polümeraas ja transkriptsioonifaktorid, et kontrollida DNA transkriptsiooni. Seetõttu seonduvad RNA polümeraas ja muud transkriptsioonifaktorid promootorjärjestusega ja alustavad transkriptsiooni.
