Peamine erinevus struktuurse ja funktsionaalse genoomika vahel on see, et struktuurne genoomika on genoomide füüsikalise olemuse uurimine, sealhulgas genoomide järjestamine ja kaardistamine, funktsionaalne genoomika aga genoomi ekspressiooni ja funktsiooni uurimine.
Genoomika on bioloogia valdkond, mis puudutab elusorganismide struktuuri, organisatsiooni, funktsioone, evolutsiooni ja genoomide kaardistamist. See hõlmab ka genoomide järjestamist, organismi kodeeritud valkude täieliku komplekti määramist ning geenide ja ainevahetusradade toimimist organismis. Lihtsamalt öeldes on genoomika geenigrupi suuremahuline uurimine. Seetõttu viiakse uuringud läbi genoomi tasandil. Struktuurgenoomika ja funktsionaalne genoomika on genoomika kaks peamist haru. Struktuurgenoomika keskendub kogu genoomi kogu geenikomplekti kirjeldamisele ja asukoha pakkumisele. Seevastu funktsionaalne genoomika keskendub funktsioonile ja omadustele.