Peamine erinevus Watsoni ning Cricki ja Hoogsteeni aluspaaride vahel on see, et Watsoni ja Cricki aluspaarimine on tavaline viis, mis kirjeldab aluspaaride moodustumist puriinide ja pürimidiinide vahel. Vahepeal on Hoogsteeni aluspaarimine alternatiivne aluspaaride moodustamise viis, mille korral puriin võtab pürimidiini suhtes teistsuguse konformatsiooni.
Nukleotiidil on kolm komponenti: lämmastikuga alus, pentoosisuhkur ja fosfaatrühm. DNA ja RNA struktuuris on viis erinevat lämmastikalust ja kaks pentoosisuhkrut. Kui need nukleotiidid moodustavad nukleotiidjärjestuse, moodustavad komplementaarsed alused, kas puriinid või pürimidiinid, nende vahel vesiniksidemed. Seda tuntakse kui aluspaari. Seetõttu moodustub aluspaar kahe lämmastikuga aluse ühendamisel vesiniksidemetega. Watsoni ja Cricki aluspaarimine on klassikaline või standardne lähenemine, Hoogsteeni aluspaarimine on aga alternatiivne viis aluspaaride moodustamiseks.
