Peamine erinevus varjutuse ja varjatud perioodi vahel on see, et varjutusperiood on faagivalkude ja nukleiinhapete sünteesimise aeg peremeesrakus, varjatud periood aga viirusgenoomi rakku süstimise ja peremeesrakkude lüüsi vahel.
Bakteriofaag (faag) on kohustuslik rakusisene viirusosake, mis nakatab ja levib konkreetses bakteris. Neid nimetatakse ka bakterisööjateks, kuna nad toimivad bakteritsiidsete ainetena. Pea ja saba kompleksne kuju on bakteriofaagide kõige tavalisem kuju. Nad nakatavad peremeesbaktereid paljunemiseks. Nakkuse alguses kinnituvad nad oma pinnaretseptorite abil tihedalt bakteriraku seina külge ja süstivad oma geneetilist materjali peremeesrakku. Siis võib nende nakatumine toimuda kahe tsükli kaudu: lüütiline ja lüsogeenne tsükkel.
Lüütilises tsüklis nakatavad bakteriofaagid baktereid ja hävitavad lüüsiga kiiresti peremeesorganismi bakteriraku. Lüsogeenses tsüklis integreerub viiruslik geneetiline materjal bakteri genoomi või plasmiididega ja eksisteerib peremeesrakus paljude põlvkondade jooksul ilma peremeesbakterit tapmata. Nakkusprotsess järgib erinevaid perioode nagu varjatud periood, varjutusperiood, tõusuperiood jne.